Program Derpartemen Pertanian sesuai dengan tupoksi Eselin I ada 12. Yang terkait dengan Dinas Pertanian DIY:
1. Peningkatan Produksi, Produktivitas dan Mutu Tanaman Pangan untuk Mencapai Swasembada dan Swasembada Berkelanjutan.
2. Peningkatan Produksi, Produktivitas, dan Mutu Produk Tanaman Hortikultura Berkelanjutan.
4. Pencapaian Swasembada Daging Sapi dan Peningkatan Penyediaan Pangan Hewani yang Aman, Sehat, Utuh, dan Halal.
5. Peningkatan Nilai Tambah, Daya Saing, Industri Hilir, Pemasaran dan Ekspor Hasil Pertanian.
6. Penyediaan dan Pengembangan Prasarana dan Sarana Pertanian.
7. Pengembangan SDM Pertanian dan Kelembagaan Petani.
8. Dukungan Manajemen dan Pelaksanaan Tugas Teknis Lainnya Kementerian Pertanian.
Ditjen Tanaman Pangan
Ditjen Hortikultura
Ditjen Peternakan
Ditjen PPHP
Ditjen PLA
Badan SDM Pertanian